to zależy...

od tego jak ma te godziny przydzielone nauczyciel i jak te kwestię traktuje gminny regulamin wynagradzania nauczycieli.

Jeśli n-l ma te godziny "w etacie", bez względu na to czy jest zatrudniony w niepełnym lub pełnym wymiasze godzin, to płacisz normalnie. Co najwyżej możesz postulowac by n-l "odrobił" te godziny jak dziecko wyzdrowieje.

Natomiast jeśli to godziny ponadwymiarowe, to w zależności od regulaminu płacisz wszystko, płacisz częściowo, albo wogóle nie płacisz...